Το Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα (ΠΕΠ) Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης 2000-2006 εγκρίθηκε από την Επιτροπή των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων τον Απρίλιο του 2001 και είναι το μεγαλύτερο - μέχρι σήμερα - αναπτυξιακό πρόγραμμα που υλοποιείται στην Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης.
Στο πλαίσιο του ΠΕΠ Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης προγραμματίζονται και χρηματοδοτούνται έργα και δράσεις που δημιουργούν υποδομές σε όλους τους βασικούς τομείς ανάπτυξης της περιφέρειας, ενισχύουν τα επενδυτικά σχέδια των μικρομεσαίων επιχειρήσεων, παρέχουν ίσες ευκαιρίες για την ένταξη του ανθρώπινου δυναμικού στην αγορά εργασίας, παρέχουν υπηρεσίες κοινωνικής φροντίδας σε άτομα που χρειάζονται βοήθεια, στηρίζουν την ανάπτυξη της υπαίθρου, δημιουργούν προϋποθέσεις για την αξιοποίηση και την προστασία του περιβάλλοντος στην Ανατολική Μακεδονία - Θράκη.
Το ΠΕΠ Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης είναι ένα από τα 13 Περιφερειακά Προγράμματα που υλοποιούνται σήμερα στην Ελλάδα, εντάσσεται στο Γ’ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης, έχει συνολικό προϋπολογισμό που ξεπερνά το 1,2 δισ. Ευρώ και χρηματοδοτείται στο μεγαλύτερο μέρος του από την Ευρωπαϊκή Ένωση.
Βασικός στόχος του ΠΕΠ Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης είναι η επίτευξη διαρκούς και ισόρροπης ανάπτυξης, η προώθηση της κοινωνικής και οικονομικής συνοχής με τις περιφέρειες των κρατών-μελών της Ευρωπαϊκής Ένωσης, η βελτίωση της ποιότητας ζωής και της καθημερινότητας των πολιτών.